Joseph Seegen wurde am 22. Mai 1822 in Polna in Böhmen geboren.
Er promovierte nach dem Medizinstudium 1847 mit der Arbeit „Über die geologischen Beziehungen der Mineralquellen“, verließ nach den Ereignissen des Jahres 1848 als Mitglied der Akademischen Legion das Land und studierte in Paris weiter. Hier machte er sich mit den fortschrittlichen Experimentierverfahren vertraut.
Als Badearzt in Karlsbad führte er Forschungen an Mineralquellen durch und fasste deren Ergebnisse im „Compendium der allgemeinen und speziellen Heilquellenlehre“ zusammen. 1859 wurde Seegen der erste Professor der Balneologie an der Wiener Universität.
Er untersuchte den Einfluss des mineralsalzreichen Karlsbader Wassers auf den Stoffwechsel. Seine weiteren Forschungen über den Stoffwechsel und die Zuckerbildung hat er in zahlreichen Abhandlungen dargelegt.
Joseph Seegen starb am 14.Januar 1904 in Wien.
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