Stanislaus wurde um 1360 in Znaim (Znojmo) geboren.
Nach anfänglichem Studium an der Wiener Universität ging er nach Prag und schloss das Studium mit der Meisterprüfung an der Fakultät der Freien Künste ab. An der Prager Universität nahm er danach eine Stelle als Leherer an und unterrichtete unter anderem Jan Hus.
1404 wurde er zum Rektor der Karls-Universität berufen.
Da er sich kritisch gegen einzelne Bereiche der katholischen Lehre aussprach, wurde er mehrmals der Ketzerei beschuldigt und verhaftet. Auf Intervention des Königs und der Universität sowie durch einen, der Kirche genehmen, zu seinem Traktat hinzugefügten Abschnitt, wurde er wieder entlassen.
Von Jan Hus distanzierte er sich danach zusehends, als dessen Ansichten sich radikalisierten. Stanilaus hinterfragte im Gegensatz zu Hus nicht – sei aus aus taktischen Gründen, Angst oder eigener Überzeugung gewesen – die Autorität des Papstes. Später bezichtigte er Hus beim Prager Erzbischof sogar der Irrlehre, verkündete aber nach einem Schiedsspruch, dass es in Böhmen keine Ketzer gibt woraufhin er 1413 vom König des Landes verwiesen wurde. Sein letztes Lebensjahr verbrachte Stanislaus in Südböhmen.
Stanislaus von Znaim starb 1414 in Neuhaus (Jindřichův Hradec).
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